Ένας από τους κύριους στόχους του EUSYP Think Tank είναι η δημιουργία συγκεκριμένων, βιώσιμων και παραγωγικών δικτύων συνεργασίας μεταξύ άλλων ερευνητικών κέντρων, Πανεπιστημίων και Οργανώσεων/φορέων της Κοινωνίας των Πολιτών. Τέτοια δίκτυα έχουν δημιουργηθεί με:
- Έδρα UNESCO Διαπολιτισμικού Διαλόγου, Πανεπιστήμιο Μακεδονίας
- Ελληνικό Δίκτυο Ιδρύματος Anna Lindh
- Δίκτυο EUNET
- Thessaloniki International Student Model United Nations (ThessISMUN)
- House of Europe στη Ρόδο
- Rhodes Model Regional Co-operation (RhodesMRC)
